Loại máy bay này đã nhận danh hiệu là loại nguy hiểm nhất để lái với 1/3 số lượng trong phi đội của Hoa Kỳ đã rơi với 143 tại nạn nghiêm trọng làm chết 45 lính trong đó có một số phi công xuất sắc nhất được biết đến tại đây tính đến năm 2003, với trục trặc hỏng hóc liên tục, bảo trì kém và vấn đề kinh phí cao. Nó bị cấm bay quá nhiều đến nỗi phi công thường không có đủ thời gian bay để duy trì thành thạo kỹ năng góp phần làm tăng tai nạn[8].

Sea Harrier rút khỏi biên chế vào năm 2006 và những chiếc cuối cùng được rút khỏi Phi đội 801 vào ngày 29 tháng 3 năm 2006. Những kế hoạch được công bố vào năm 2002 bởi Bộ quốc phòng (MoD). Máy bay thay thế là loại Lockheed/Northrop/BAE F-35, nhưng loại máy bay này sẽ không được trang bị cho đến năm 2012. Tuy nhiên, MoD biện luận rằng chi phí để nâng cấp các phi đội sẽ khá lớn mà những máy bay chỉ hoạt động thêm được 6 năm.

Dù những chiếc Sea Harrier mới nhất cũng chỉ mới hoạt động trong Hải quân vào năm 1999, FA2 được làm gần như hoàn toàn bằng kim loại, không giống như những chiếc RAF Harrier có khá lớn kết cấu làm từ vật liệu composite. Cả hai phiên bản của Harrier đều phải chịu những thiệt hại do hiệu suất của động cơ giảm xuống (Pegasus Mk 106 đối với FA2 - Mk 105 đối với GR7), do máy bay hoạt động trong môi trường nhiệt độ cao ở vùng Trung Đông và hạn chế những trọng tải tối đa có thể mang được để hạ cánh kiểu thẳng đứng xuống boong tàu sân bay. Điển hình, trong thời đại của 'Joint Force Harrier' kết hợp những hoạt động trên chiến trường, GR7 được tách ra khỏi các đơn vị trên tàu sân bay gần 2 tuần trước khi Sea Harrier thôi hoạt động. Đây chỉ là những vấn đề liên quan đến hệ số an toàn liên quan đến trọng lượng máy bay. Tùy chọn dĩ nhiên để lắp đặt động cơ Pegasus tốc độ cao không thẳng thắn như việc nâng cấp GR7 và nó còn là một quá trình tốn kém và mất thời gian. Hơn nữa, những chiếc Sea Harrier lệ thuộc vào môi trường nhiều hơn so với những chiếc Harrier hoạt động trên các sân bay ở đất liền, đặc biệt là vấn đề tốc độ ăn mòn của muối. Vào tháng 3 năm 2006, mọi chiếc Sea Harrier đã nghỉ hưu. Một số máy bay được giữ lại sử dụng bởi Trường Hoạt động bay trên tàu sân bay ở RNAS Culdrose, và trong lý thuyết chúng có thể được hồi phục nếu cần thiết.

Phe đối lập đã đưa ra ý kiến về việc nghỉ hưu của Sea Harrier sẽ khiến cho Hải quân Hoàng gia không có khả năng bảo vệ trên không có hiệu quả lâu dài. Bộ quốc phòng lại cho rằng khi Tàu khu trục kiểu 45 đi vào hoạt động vào cuối năm 2010 sẽ cung cấp đủ khả năng tác chiến chống máy bay (AAW). Không quân Hải quân Hoàng gia Anh sẽ tiếp tục chia sẻ sử dụng những máy bay khác của Joint Force Harrier, như Harrier GR7 và Harrier GR9 nâng cấp của RAF, với 2 phi đội tiền tuyến, phi đội hải quân số 800 đã được tái trang bị vào tháng 4 năm 2006 và phi đội hải quân số 801 sẽ chờ đợi để tái trang bị vào năm 2007, cả hai phi đội này sẽ được trang bị GR9 vào năm 2007. Kế hoạch mua khoảng 150 chiếc F-35 sẽ được chia ra để phục vụ và chúng sẽ hoạt động trên Tàu sân bay tương lai của Hải quân Hoàng gia Anh (CVF).

Hải quân Ấn Độ đang hợp tác với Israel để thực hiện nâng cấp 15 chiếc Sea Harrier của mình, những chiếc Sea Harrier sẽ được lắp đặt radar Elta EL/M-2032 và khả năng mang tên lửa không đối không tầm trung Rafael 'Derby'. Điều này cho phép Sea Harrier hoạt động trong biên chế các đơn vị của Ấn Độ cho đến năm 2010 và chúng cũng sẽ hoạt động hạn chế trên tàu sân bay mới IN sẽ được đưa vào trang bị trong thời gian tới.

Hải quân Ấn Độ hiện nay quan tâm đến việc mua 8 chiếc Sea Harrier FA2 đã về hưu của Hải quân Hoàng gia Anh trong khi vẫn duy trì hoạt động phi đội Sea Harrier của mình gồm 16 chiếc Sea Harrier FRS.51 trang bị động cơ Pegasus 104. Ấn Độ đã mất 6 chiếc trong những tai nạn. Nếu thỏa thuận được thông qua, Ấn Độ sẽ có được sự hỗ trợ kỹ thuật từ BAE Systems và Rolls Royce. Những chiếc Sea Harrier FA2 được bán không bao gồm radar Blue Vixen, và khả năng mang tên lửa RWR và AMRAAM. Những phần mềm điều hành của Mỹ chắc chắn sẽ bị xóa trước khi gửi cho phía Ấn Độ.

Một chiếc Sea Harrier đã được một nhà sưu tập Warbird người Mỹ mua và đã được chuyển tới Mỹ để tham gia US Air Show Circuit, một số khung máy bay đã bắt đầu xuất hiện trong khuôn viên trưng bày của những nhà bảo tàng và một chiếc đã được trưng bày ở Snipe Public House tại Dukenfield gần Manchester.

Một chiếc Sea Harrier FA2 số hiệu ZE694, đã được trưng bày tại Bảo tàng hàng không Midland,Coventry.